中国基因组测序公司华大基因（BGI Genomics）已就与Illumina的专利纠纷申请了重新审判。1月11日，华大基因在加利福尼亚北部地区提出了一项JMOL动议 (JMOL动议即judgment as a matter of law动议。该动议请求法官依据法律作出直接判决，否决陪审团意见) 和一项重新审判的动议。华大基因称，美国生物技术公司Illumina没有提供实质性证据证明其专利的非显而易见性（nonobviousness）以及华大基因的故意侵权意图。

2021年11月30日，在Illumina提起的华大基因专利侵权诉讼中，一个美国加利福尼亚州北区的地方法院的陪审团作出裁决，裁定Illumina的美国专利第7,541,444号和第10,480,025号中的一些权利要求无效，但其余3个美国专利第7,771,973号、第7,566,537号和第9,410,200号中的一些权利要求有效，并被华大基因侵犯了。陪审团判华大基因需向Illumina支付800万美元的赔偿金。

2019年6月27日，Illumina向一个美国加利福尼亚州北区的地方法院针对华大基因提起了第一份诉状，指控华大基因在美国销售其“标准MPS（massively parallel sequencing，即“大规模并行测序”，可用于产前唐氏综合征筛查）”技术构成故意侵犯Illumina的2项专利第7,566,537号和9,410,200号。2020年2月27日，Illumina向该地方法院提起第二次诉讼，指控华大基因出售其CoolMPS技术，构成故意侵犯了Illumina的第7,541,444号、第7,771,973号和第10,480,025号。华大基因根据美国专利法案（美国法律汇编第三十五卷）的第101条、第102条、第103条和第112条进行了不侵权和专利无效性的抗辩。法官William H. Orrick主持的法院审理了这2起案件，并于2020年9月23日授予了有利于Illumina的初步禁令，禁止华大基因在美国制造、使用、销售、进口或出售涉嫌侵权的技术。

2021年11月15日至22日，该案件被庭审。陪审团于11月30日作出裁决。陪审团认定Illumina专利第7,541,444号的权利要求1和权利要求3以及专利第10,480,025号的权利要求1无效。同时，陪审团认定专利第7,771,973号的权利要求1和权利要求13、专利第7,566,537号的权利要求1、权利要求4和权利要求6以及专利第9,410,200号的权利要求11和权利要求19有效，并被华大基因侵犯了。

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